Aux élèves qui n'utilisent pas les transports scolaires quotidiennement, comme les internes ou les apprentis, le Conseil général propose dans certains cas une bourse annuelle afin de contribuer à leurs dépenses de transport.

Les élèves ne bénéficiant pas d'une desserte en ligne régulière peuvent emprunter des services de transport réservés en priorités aux scolaires.

Dans le cas où il n'existe aucun service de transport collectif entre le domicile de l'élève et son établissement scolaire, ou lorsque l'élève doit effectuer un parcours d'approche d'au moins 2 km d'un service de transport, la famille peut être indemnisée des frais de transports effectués en voiture particulière. Si l'établissement scolaire dispose d'un internat et que le domicile de l'élève est situé à une distance supérieure ou égale à 20 km de ce dernier, la famille ne pourra prétendre à l'indemnité voiture particulière.

Les élèves et étudiants handicapés domiciliés dans la Loire peuvent bénéficier de la prise en charge intégrale par le Conseil général de la Loire de leur frais de transport scolaire entre leur domicile et leur établissement scolaire.

Environ 8 000 élèves demi-pensionnaires utilisent une ligne régulière TIL pour aller à l'école.

Le Conseil général subventionne, dans certains cas, le transport des élèves en train TER. La carte de transport scolaire du Conseil général est alors accompagnée d'un abonnement SNCF à retirer à la gare.